武术项目在我校有着悠久的历史，自1982年南京农业大学武术协会成立以来，是我校成立最早的社团之一，也是全国高校中成立较早的武术协会之一。
目前武术队的教练有张东宇副教授（国家级裁判），毕业于北京体育大学；白茂强（国家健将运动员）毕业于武汉体育学院。
我校武术队1993年江苏省文化艺术节南京大学生武术比赛上获得团体总分第一。在2006年江苏第十六届运动会高校部武术比赛上获得男女团体总分冠军，女子团体总分冠军，男子团体总分第三名。2006年全国大学生武术锦标赛上王倩、朱方方获得对练冠军，史志旺获得地趟拳冠军，唐善瑾获得剑术、枪术第三名。
2007年中华人民共和国第八届大学生运动会：朱芳芳、王倩获女子对练第六名。2008年原定在成都大学举办的全国大学生武术锦标赛，由于四川发生地震，在克服各种困难下，我校主动承办了全国大学生武术锦标赛，并获得男子乙组软器械第一名、男子乙组其它拳术三类第一名，女子甲组各式太极拳第二名、女子甲组42式太极剑第六名，女子甲组单器械第五名, 男子甲组各式太极拳第二名。同时获得体育道德风尚代表队。