南京农业大学是教育部批准的具有招收高水平排球、武术、网球运动员资格的大学之一，经过近十几年不断努力与探索,已形成具有本校特色的高水平运动队建设的管理体制。
在校领导的直接领导下，不断深化高水平运动队领导小组工作职能，建立健全高水平运动队的组织机构与管理机制，积极协同校内各职能部门，保持与校外有关部门的联络与沟通，逐步完善招生管理、学籍管理机制，积极创造引进高水平运动人才的有利条件。
在已形成的传统项目的基础上，坚持以女排为重点带动高水平运动队建设的办队指导思想，发展武术、田径、网球项目。根据我校的实际情况，目前正积极探索“以我为主，加强与社会联办”的模式，推进高校竞技体育产业化进程，积极整合社会资源，通过与优秀社会团体、企事业单位等社会力量的交流与合作，扩大学校影响力，更好地促进高水平运动队的发展。
女子排球于2003年成立了直属团支部，从建队到现在，女排直属团支部1次被共青团中央评为“全国五四红旗团支部”；1次被共青团江苏省委评为“江苏省五四红旗团支部标兵”；4次获校“五四红旗团支部”；1次获得“感动南农优秀大学生团队”；多人次获校“优秀团干”和“优秀团员”。在全国大学生排球赛中2次获得“体育道德风尚奖”，在省大学生排球联赛1次获得“体育道德风尚奖”。
目前我校高水平女排在校园里享有较高的声誉和知名度，我校学生会因女排而自豪，女排已成为南京农业大学内一道亮丽的风景线，被校领导誉为“是我校的一张烫金名片”。
武术在我校有着悠久的历史，1982年南京农业大学武术协会正式成立，是我校成立最早的社团之一，也是全国较早成立武术协会的高校之
一。为提升我校的知名度，不断展示南农人“团结、拼搏、求实、创新”的优良传统，学校于2005年组建高水平武术队，共有13名运动员（一级9人、二级4人）。
田径队2009年获得江苏省大学生田径锦标赛男子团体第一名（高水平组）、女子团体第四名、总分第三名；孙雅薇同学分别获得第十一届全运会女子100米栏第二名，第十八届亚洲田径锦标赛女子100米栏冠军（获国际运动健将称号），第五届东亚运动会100米栏冠军；李翔龙分别获得2008、2009年全国室内田径锦标赛冠军，
网球队连续四年参加全国大学生网球锦标赛并获得男子单打前三，2006年获得“江苏省第十六届运动会高校部网球比赛”男子单打亚军,男子团体第四名的优异成绩。